Tropoja si trova nel nord-est dell'Albania e confina a nord con il Montenegro, a sud con il Distretto di Has, a ovest con il Distretto di Scutari (con i distretti di Shkodër e Pukë) e a est con la Repubblica del Kosovo.
Tropoja è una tipica zona montuosa. In quanto parte integrante delle Alpi albanesi, la più vasta area della superficie del distretto è occupata da alte montagne. L'altezza media del distretto di Tropoja è tra le più alte in Albania - 1105 m sul livello del mare.
Il clima a Tropoja è montuoso nella zona alpina e mediterraneo continentale nel resto, caratterizzato da inverni lunghi e rigidi ed estati brevi e fresche. La temperatura media nel bacino di Tropoja è di 11,5 °C; 0,2 °C nella stagione invernale e 21 °C nella stagione estiva. Durante l'anno ci sono in media 198 giorni di sole. La piovosità media annua è di 1735 mm. Durante l'inverno le nevicate sono frequenti e vi sono cime montuose sulle quali la neve non si scioglie mai. Venti da nord: masse d'aria "Nord Nero" provenienti da nord-est attraverso il Passo Morin (punto di confine con la Repubblica del Kosovo), masse d'aria "Nord Bianco" provenienti da nord attraverso la valle del fiume Gashi, che portano masse d'aria fredda . Mentre il "Vento" che spira da sud lungo la Valbona trasporta masse d'aria calda con notevole umidità.